另外，許多臨床醫學研究聚焦於改善傳統藥物的效價，發展新的治療法，和直接針對疾病組織標靶之新藥運送系統的開發。外泌體為多功能的天然轉運者，具有高度的生物相容性，深度組織穿透性和通過生物性屏障的能力，例如血腦屏障（blood brain barrier），多樣物質的運載能力等優點，因此非常適合發展成外泌體基礎的奈米藥物運送系統。藥物裝載技術與前述建構靶向系統的技術密不可分。在前述靶向系統的基礎上，將原先的訊息分子或是功能性分子以具有療效的藥物取代，即為目前相關領域嘗試的方向。在此階段，無論藥物為小分子、核酸藥物、抗體，或是作為疫苗抗原，主要需克服的技術問題皆在於如何依據不同藥物特性